2018 RSG Türkiye Etkinlikleri

2019 yılı hızla yaklaşırken, 2018 yılında neler yaptık kısaca özetlemek istedik! Bu yıl, etkinliklerimizin hız kazanmasıyla aktif üye grubumuzda ciddi bir artış oldu, Türkiye içinde farklı illerden ve üniversitelerden aramıza arkadaşların katılmasıyla etkinlik yelpazemiz genişledi ve farklı bakış açıları kazandık!

  • 2018 Öğrenci Sempozyumu: Her yıl olduğu gibi zorlu bir organizasyon döneminden sonra çok keyif aldığımız, çok yararlı bulduğumuz bir sempozyum gerçekleştirdik. Bu yıl hem yeni arkadaşlarla tanışıp büyüdük, hem de daha önce denemediğimiz kariyer oturumu gibi kimi etkinlikleri denedik. İnanılmaz olumlu bir geri dönüş aldık ve gelecek sene için planlarımızı yapmaya başladık bile! Sempozyum detaylarını buradan okuyabilirsiniz. 2018 HIBIT organizasyon komitesine de destekleri için tekrar teşekkür ederiz!
  • Webinarlar: İlk zamanlarda (2014-2015 yılları, Zeynep Özkeserli’nin zamanının ötesinde girişimciliği ile başladığımız yıllar) ‘webinar mı o ne ki!?!’ tepkileriyle başladığımız webinar projemiz bu yıl rayına oturdu ve düzenli etkinlikler ile dünyanın dört bir tarafından dinleyicilere ulaştık. Sadece 2018 yılı içerisinde düzenlediğimiz 7 webinar ile 30dan fazla ülkede 350den fazla canlı dinleyiciye, yayınladığımız webinar videoları ile çok daha fazlasına ulaştık. Bu sene iki tane Türkçe webinar düzenledik ve bu sayıyı arttırmayı planlıyoruz! Deneyimli araştırmacılar tarafından verilen bu yedi webinarın yanısıra, öğrenci sunumlarını deneyimledik ve genç araştırmacıların kendi içinde rahat ortamda yaptığı sunumlarla projelerin tartışılmasının yararlarını gördük.
  • Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoenformatik Kaynaklar Listesi: Diğer bir projemiz de, hesaplamalı biyoloji serüvenine henüz yeni başlamakta olan arkadaşlara ya da belli bir konuda daha fazla bilgi edinmek isteyen arkadaşlara yol gösterici olması umuduyla bir araya getirdiğimiz kaynak listemiz oldu. Bu online ve herkes tarafından ekleme yapılabilir durumdaki liste; konu, kaynak tipi, seviye gibi kriterlere göre filtreleme ile istenilen kaynağa kolayca ulaşmayı sağlıyor. Bu proje bu sene aramıza yeni katılan arkadaşımız Işın Altınkaya’nın girişimi ile başlatıldı.
  • Diğer ülkelerdeki bölgesel öğrenci grupları ile ortaklıklar: Webinar projemizin İngilizce sunumlar ile dünya genelinde de izlenmesiyle birlikte, özellikle ortak webinar düzenleme yönünde bir çok işbirliği söz konusu oldu. Bu sene Kolombiya bölgesel öğrenci grubu ile bu girişimi somutlaştırdık ve 27 Kasım’da RSG-Colombia ilk webinarını platformumuz bioinfonet üzerinden sunacak. Katılım için: https://www.bigmarker.com/bioinfonet/rsg-colombia-webinar
  • Twitter: Bu sene ayrıca Twitter kullanımımızı çok arttırdık ve neredeyse her gün staj, PhD pozisyonları, ilgili sempozyumlar ve çalıştaylarla ilgili haberleri takipçilerimizle buluşturduk! Dikkatimizden kaçan ama paylaşmaya değer gönderilere bizi etiketleyerek üyelerimizle buluşturmamıza yardımcı olabilirsiniz: @RSGTurkey
Advertisements

HIBIT 2018 ARDINDAN

Bu sene ISCB-SC-RSG Türkiye grubu olarak 5.sini gerçekleştirdiğimiz öğrenci sempozyumumuzun detaylarını sizinle paylaşmaktan mutluluk duyuyoruz!

Öğrenci sempozyumumuz 25-27 Ekim tarihleri arasında gerçekleşen HIBIT 2018’in 3.gününde Falez Uygulama Oteli’nde harika bir katılımla gerçekleşti. Öğrenci sempozyumu düzenlerken başlıca hedeflerimiz yüksek lisans ve doktora öğrencileri ile akademisyenleri bir araya getirmek, kariyer tercihlerimiz hakkında konuşmak, öğrenmek ve bildiklerimizi aktarmak ve biraz da motive olmak. Bu amaçlarımızı bu sempozyumda yerine getirmeye çalışırken  aynı zamanda aramıza katılan yeni arkadaşlarla her geçen gün öğrenip, daha iyisini yapmak için yeni fikirlerle dolduğumuz bir sempozyumu geride bıraktık.

İlk olarak HIBIT 2018’in ilk saatlerinden itibaren HBIT komitesinin bize sağladığı masamızda yerimizi aldık. Hem yeni arkadaşlarla tanışıp, neler yapıyoruz/neleri amaçlıyoruz bundan bahsettik hem de ilk günden itibaren herkesin kaynaşacağı bir ortam yaratmak amacı ile bir oyun başlattık. Bu oyunda bir kağıda yazılı  tanımlayıcı özelliklerin kime ait olduğunu bulmak için birileriyle tanışıp sorular sorulması ve o kişinin adının kağıda yazılması gerekiyordu. En çok kişiyle tanışan ise oyunu kazanıyor. Kazanan arkadaşımıza RSG-Turkey yazılı bir kupa hediye ettik. HIBIT boyunca, öğrenci sempozyumumuza daha önceden kayıt yaptırmayan arkadaşlarımızdan da oldukça iyi sayıda bir kayıt almayı başardık 🙂

Ve 3.gün, öğrenci sempozyumumuz: Bu sene keynote konuşmacılarımız Orta Doğu Teknik Üniversitesi’nden Prof. Dr. Tolga Can ve İzmir Biyotıp ve Genom Merkezi’nden Dr. Ezgi Karaca idi. Bu konuşmalarda bir yandan iki hocamızın çalışmaları hakkında bilgi sahibi olup öğrenirken bir yandan da fazlasıyla motive olduk. Daha sonra ise HIBIT bilimsel komitesi tarafından seçilen farklı üniversitelerden 3 öğrenci (Samet Tenekeci, Heval Ataş ve Umut Gerlevik) sempozyumumuzda 10-15 dakika aralığında sunum yaptılar. Bu sayede de farklı alanlarda yapılan çalışmalar hakkında bilgi sahibi olmuş olduk.

Ve heyecanlı bölümlerden bir diğeri: Poster Ödülleri! Bu sene posterleri değerlendirmesini 10 hocamızdan rica ettik: Kemal Yelekçi, Serap Erkek, Tunca Doğan, Ogün Adebali, Yavuz Oktay, Nurcan Tunçbağ, Aybar Can Acar, Yeşim Aydın Son, Ebru Bilge Güven ve Cihangir Yandım posterleri değerlendirdi. Ve ilk 3 poster ödülü ISCB Student Council’ın sağladığı finansal destek sayesinde sahiplerini buldu.

This slideshow requires JavaScript.

Bu ödüller şu şekilde:

1.lik ödülü: Gülden Olgun: miRCoop: Identifying Cooperating Pairwise miRNAs via Kernel Based Interaction Test

2.lik ödülü: Gökçe Senger:Biological Data Integration and Protein Function Prediction with Matrix Factorization

3.lük ödülü: Esra Sinoplu:Utilization of computational systems biology methods and in vitro validation strategies to identify unknown off-target effects of drugs in hepatocellular carcinoma

Tekrardan bütün arkadaşlarımızı tebrik ediyoruz!

Aynı zamanda  HIBIT 2019’u düzenleyecek olan komite ile konuşup 4.lük ödülü verilmesini sağladık. Bu ödül ise HIBIT 2019’a ücretsiz katılım!! Bu ödülün sahibi ise Cansu Dinçer (Structural Modeling of the Patient-Specific Signaling Networks in Glioblastoma) oldu.

IMG_8336Ayrıca sempozyumumuzun en heyecanlı ve en etkileşimli kısımlarından birisi de “kariyer oturumu” idi. Kariyer Oturumu için  4 farklı üniversiteden Hocamız (Ezgi Karaca, Serap Erkek, Tunca Doğan, Ogün Adebali) öğrenciler ile sohbet havasında geçecek gruplar oluşturdu. Bu oturumda istediğimiz hocanın yanına gidip kendi danışmak istediklerimiz ve gelecek planlarımız hakkında sorular sorup onların deneyimleri ve tavsiyelerini dinledik. Yaklaşık 2 saat süren bu oturuma katılım oldukça fazla olmakla beraber, böyle sohbetlere daha çok ihtiyacımız olduğunu da anlamış olduk  🙂
IMG_8346

 

Bu sempozyum sonunda 15 yeni üyeyi aramıza kattık! Grubumuzun Türkiye Hesaplamalı Biyoloji Camiasında HIBIT gibi organizasyonlar ile desteklenerek yer edinmesi bizim için oldukça önemli. Çünkü bu sayede daha çok öğrenci arkadaşımıza ulaşmakla beraber, her geçen gün büyüyeceğimize, yeni fikirleri aramıza katacağımıza ve daha güzel işler yapacağımıza inancımız artıyor.

Teşekkürler:

  1. Organizasyon süresince destekleri için HIBIT’18 organizasyon komitesine,
  2. Basta Melike Dönertaş, Tülay Karakulak, Yasin Kaya, Deniz Doğan, Sevilay Güleşen, Melike Çağlayan, Ece Çağlayan ve Beste Turanlı olmak üzere, tüm RSG-Turkey aktif üyelerine,
  3. Öğrenci sempozyumu hazırlığı süresince bize yol gösteren ve sempozyumun daha iyi olmasını sağlayan Dr. Ezgi Karaca’ya,
  4. Sağladığı destek sayesinde poster ödülü vermemizi sağlayan ISCB Student Council’a
  5. Posterleri değerlendiren bütün Hocalarımıza,
  6. 4.lük Poster ödülü sağlayarak HIBIT 2019’a ücretsiz katılımı desteklediği için HIBIT 2019 komitesine,
  7. Sempozyumumuza katılım sağlayarak harika geçmesini sağlayan bütün öğrenci arkadaşlarımıza ve hocalarımıza,

Teşekkürlerimizi sunuyoruz.

Resources to Learn Computational Biology

We have started to compile a list of resources to learn or improve computational biology skills: Resources for Computational Biology & Bioinformatics

You can add new resources to relevant sheets or just check the list to find your new favourite book/course!

The list includes different type of resources to learn programming languages, a specific type of analysis, or pure theory. We also added a sheet for the databases, which we hope to be full of exciting databases soon – you can add yours as well 🙂

Don’t forget to add the resources you found useful and share with your circle!

Please contact turkey.rsg@gmail.com for any suggestion/comment.

ISMB2018- 26th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology

 

We as RSG-Turkey are so proud to be part of great organization ISCB and ISCBSC. ISMB2018, one of the conferences organized by ISCB, was held in Chicago between 6-11 July. I have nominated for ISCB-SC RSG Leadership Travel Fellowship for the conference and she had the opportunity to attend the conference. Despite this post were overdue, it has a bunch of highlights which should be recorded.

The first thing worth to mention is ISCB Communities of Special Interest (COSIs) which are topically-focused collaborative communities of shared interest wherein scientists communicate with one another on research problems and/or opportunities in specific areas of computational biology. For detailed information about sixteen COSIs of ISCB, click on the link. One of my favorites is  SysMod COSI where I got a chance to present my Ph.D. project and meet the great scientist as well as my future collaborators.

In the first day of the conference, Thomas Lengauer, ISCB president welcomed over 1,600 delegates to Chicago and started the tight schedule of ISMB2018. During the event, ISCB Conferences mobile application helped each participant to create their own program.
20180707_092742
The conference hosted very successful and interesting talks including keynotes. The conference-leading keynote was Steven Salzberg from the Center for Computational Biology McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine at Johns Hopkins University. His keynote, titled “25 years of human gene finding: are we there yet?” focused on how The Human Genome Project was launched with the promise of revealing all of our genes, the “code” that would help explain our biology. The publication of the human genome in 2001 provided only a very rough answer to this question. For more than a decade following, the number of protein-coding genes steadily shrank, but the introduction of RNA sequencing revealed a vast new world of splice variants and RNA genes. His talk reviewed where we’ve been and where we are today, described a new effort to use an unprecedentedly large RNA sequencing resource to create a comprehensive new human gene catalog. The ISCB Overton Prize Keynote, Cole Trapnell of the University of Washington gave an engaging and informative talk titled “Reconstructing and deforming developmental landscapes” focused on how developing embryos are comprised of highly plastic individual cells that shift from one functional state to another, often reversibly so. A cell executes a different gene expression program for each of its possible roles, switching between them as needed throughout its life. How does the genome encode the developmentally intended sequence of program switches? Which gene regulatory events are crucial for a given cell fate decision? Quantifying each gene’s contribution in governing even one developmental step is a staggeringly difficult challenge. However, massively scalable single-cell transcriptome and epigenome profiling offer a way to quantitatively dissect developmental regulatory circuits. He discussed new assays and algorithms developed by his laboratory to realize this goal, and offer some lessons from several recent projects. Martha L Bulyk from Brigham & Women’s Hospital and Harvard Medical School in Boston was the next day keynote Her talk titled Transcription factors, and cis-regulatory elements focused on mapping the impact of unique variants on the expression of transcription factors.  Specifically, it highlighted that similar target sequences can have far-reaching impacts when mutated.  The difficulties associated with establishing a proper background were also addressed. The engaging talk culminated in an informative question and answer period. Madan Babu of the MRC Laboratory of Molecular Biology in the United Kingdom was another keynote speaker. His talk focused on understanding how the amino acid sequence of a protein contributes to its function (sequence-function relationship) and foundation for the sequence–structure–function paradigm. He presented IDR-Screen, which is a high-throughput experimental and computational approach for discovering functional disordered regions in a biologically relevant context and identifying features of functional sequences through statistical learning. The final keynote of the conference, the ISCB Accomplishments by a Senior Scientist Award winner, Ruth Nussinov had inspiring talk entitled A woman’s computational biology journey focused on her journey through the field, beginning when revolutionary sequencing methods produced the first long DNA sequences with the development of an efficient algorithm to fold RNA, followed by pioneering bioinformatic DNA sequence analyses.

Throughout the conference days, attendees were able to meet and seek out information on new technologies, platforms, and ideas. Addition to having an opportunity to meet with exhibitors, attendees could view the poster presentations of the day to seek out new ideas and approaches. With nearly 300 attendee participants interacting with 15 recruiting entities the ISCB Career Fair was also a notable event.  The Career Fair allowed for a designated time for engaging discussion among talented candidates seeking positions in the fields of computational biology and bioinformatics.

Attending an ISCB conference is also a good chance for understanding the ISCB organization structure, transparency should be one of their strengths. Bruno Gaeta, ISCB Treasurer, reviewed the Society’s financial statements and current membership numbers.  Scott Markel, the Nominations Co-Chair, reminded members to vote and gave a brief overview of the Nominations process.  The student council delivered their annual report and highlighted this year’s ISMB Student Symposium.

ISCB offers poster or oral presentation and different numbers of travel fellowship opportunity as well as competitions like Art in Science or Wikipedia in every ISMB. In ISMB2018, 2017-2018 Wikipedia Winners were announced, 2018 Art in Science winners were announced, and over 40 students and post-docs were recognized as ISMB travel fellowship recipients. The ISCB aims to improve the communication of scientific knowledge to the public at large, so the ISCB Wikipedia Competition aims to improve the quality of Wikipedia articles relating to computational biology. Entries to the competition are open now; the competition closes on 31 Dec 2018. Prizes of up to $500 will be awarded to the best contributions as chosen by a judging panel of experts; these will be awarded at the ISMB/ECCB conference in Basel, Switzerland in July 2019. Detailed information on this link. Another annual event is Art in ScienceArt in Science competition which offers a way to show the beauty of science in the art form. The winners presented with a USD 200 prize, as well as be the feature cover image for the ISCB Fall Newsletter.

I write just some highlights from the conference, however, more information about the conference is also available in ISCB-newsletter.  If you wonder the selected works from ISMB2018 presenters, you can find the special issue in Bioinformatics

If you feel sorry that you missed this breathtaking event after you read the post, no worries. You can watch the presentations online by clicking the link

Moreover, please save the date for next ISMB in Basel, Switzerland between July 21 – July 25, 2019.

YanıtlaYönlendir

Short Tandem Repeats in Tumours and Immunotherapy

Türkçe

Our July webinar was given by Tugce Bilgin Sonay, from the Department of Computational Biology in the University of Lausanne. In this session, apart from her work, Tugce also explained other studies in this area.

At the beginning of the talk, she gave a general introduction on the detection of short tandem repeats and their impact on phenotype, gene expression and epigenetics. The primary focus of the talk was (1) Microsatellite Instability (MSI) in tumours, which mostly occurs due to the increase in the number of short tandem repeats as a result of a faulty DNA damage repair system, (2) Identification of the effect of the short tandem repeats in these tumours and (3) how these effects can be utilized for immunotherapy.

If you are interested in how short tandem repeats influence cancer and how they can be used for immunotherapy purposes, we strongly suggest you watch this webinar: https://youtu.be/GmjwyTZinjU (unfortunately, this webinar is only available in Turkish)

As ISCB RSG Turkey, we want to thank Tugce again for accepting our invitation and giving this very informative talk!

Tümörlerdeki Ardışık Kısa Tekrar Dizileri ve İmmünoterapi

English

Temmuz ayında gerçekleştirdiğimiz webinar; Lozan Üniversitesi, Hesaplamalı Biyoloji Departmanından Tuğçe Bilgin Sonay tarafından verildi. Bu oturumda Tuğçe, kendi çalışmalarının yanı sıra dünyada bu alanda nasıl çalışmalar yapıldığı hakkında bilgi verdi.

Konuşmanın başında kısa tekrar dizilerine (KAT) nasıl bakıldığı, KAT’ların fenotip, gen ifadesi, epigenetik üzerine etkileri hakkında genel bir giriş yaptı. Konuşmanın odak noktaları ise: (1) Tümörlerde, DNA onarım mekanizmalarının çalışmamasından dolayı KAT mutasyonlarının daha fazla görülmesi ile oluşan, mikrosatelit instabilitesi (İng. Microsatellite Instability, MSI) olarak adlandırılan tümörlerde KAT’ların nasıl belirlendiği, (2) bu tümörlerde KAT mutasyonlarının etkilerinin belirlenmesi ve (3) belirlenen etkilerin immünoterapi de nasıl kullanıldığı üzerineydi.

Ardışık kısa tekrar dizilerinin kanser üzerinde etkileri ve tedavi yöntemlerinde nasıl kullandığıyla ilgileniyorsanız, bu webinarı mutlaka izlemenizi öneriyoruz. Webinarı dinlemek için: https://youtu.be/GmjwyTZinjU

Bu güzel webinar için RSG Turkey olarak Tuğçe’ye çok teşekkür ediyoruz.

Beyin metabolizmasının genom ölçeğinde modellenmesi ve hastalıklara uygulamaları

English

Son webinarimiz 11 Haziran’da, Gebze Teknik Universitesi Biyomuhendislik Bolumu’nden Doc. Dr. Tunahan Cakir tarafindan verildi. En yuksek ilginin oldugu webinarlardan biri olan bu oturumda, genel olarak hücre içi moleküler ağların ve moleküler verilerin birlikte genom ölçeğinde modellenmesi ve metabolizma incelemelerinde kullanilmasi hakkinda bilgi verildi. Konusmanin odak noktalari ise 1) beyindeki iki önemli hücre tipi olan nöron ve astrosit hücrelerinin metabolizması ve etkilesimi, 2) nörodejeneratif hastalıklara ait transkriptom verilerinin beyine özgü metabolik ağa çizge tabanlı bir yöntem kullanılarak haritalanması, 3) beyin tümörlerinin hücre metabolizmasına etkisini literatürde kısıt-tabanlı yaklaşım olarak bilinen akı dengesi analizi (İng. Flux Balance Analysis) yontemi ile incelenmesiydi.

Eger canli oturumu kacirdiysaniz veya tekrar dinlemek isterseniz, Youtube uzerinden ulasabilirsiniz: https://youtu.be/z8MV-eu65zI

Bu aydinlatici webinar icin tum takipcilerimiz adina Tunahan Cakir hocamiza cok tesekkur ediyoruz!Sunum_screenshot