Author: melike

Resources to Learn Computational Biology

We have started to compile a list of resources to learn or improve computational biology skills: Resources for Computational Biology & Bioinformatics

You can add new resources to relevant sheets or just check the list to find your new favourite book/course!

The list includes different type of resources to learn programming languages, a specific type of analysis, or pure theory. We also added a sheet for the databases, which we hope to be full of exciting databases soon – you can add yours as well 🙂

Don’t forget to add the resources you found useful and share with your circle!

Please contact turkey.rsg@gmail.com for any suggestion/comment.

Advertisements

Student Symposium 2018

We are ready for our next event: Student Symposium 2018. Our event will be a satellite to HIBIT’18 and will take place in Antalya, a lovely city in Turkey. Check the details and register for free! Looking forward to seeing you all in Antalya!

Sıradaki etkinliğimiz için hazırız: 2018 Öğrenci Sempozyumu. HIBIT’18e uydu olarak düzenlenen bu etkinliğimiz Antalya’da gerçekleşecek. Detaylar ve ücretsiz kayıt için tıklayın! Antalya’da görüşmek üzere!!

poster2

Evolutionary Genomics for Conservation and Biodiversity – Ismail Saglam

English

Son webinarimiz 16 Nisan’da Hacettepe Universitesi’nden Dr. Ismail Saglam tarafindan verildi. Bu ilginc oturumda, evrimsel genomik ve hesaplamali calismalarin koruma biyolojisi ve biyocesitlilik calismamiza nasil yardimci olabilecegi hakkinda bilgi edindik. Ismail hem alandaki genel yontem ve sorulari ozetledi, hem de Turkiye ve Amerika’daki cesitli laboratuvarlar ile beraber yuruttugu calismalari hakkinda bilgi verdi. Ozellikle 1) degisik evrimsel modelleri test edip cesitliligi etkileyen faktorleri anlamamiz icin, 2) koruma stratejilerini belirlemede turlerin evrimsel gecmisini kesfetmemiz icin, ve 3) adaptasyonun evrimsel temellerini anlamamiz icin, genomik calismalarin nasil yardimci olabilecegini ornekledi ve acikladi.

Benim icin en ilginc olan yorumlardan birisi, sunumun sonlarina dogruydu. Evrimsel genomikten ‘uygulamali alan’ olarak bahsetti. Bir cogumuz evrimsel dusunceyi, biyolojik olgulara daha filozofik bir yaklasim olarak dusunme egilimindeyiz, ancak Ismail sunumunda, kronik kompleks hastaliklar gibi bir cok kuresel problemin fenotip, genotip, ve cevre uyumsuzlugu ile aciklanabileceginden ve bu problemlerin de evrimsel genomik sorulari olarak tekrar sekillendirilebileceginden bahsetti. Bu konu sunumun sonlarinda yer alan ufak bir yorumdu sadece, ama benim icin evrimsel biyoloji egitiminin onemini ve gunumuzdeki bilim fonlarinin seklini yeniden dusunmemi saglayan onemli bir yorum oldu.

Eger canli oturumu kacirdiysaniz, endiselenmeyin. Youtube uzerinden hala izleyebilirsiniz: https://youtu.be/PzRpvKu8GMk

Bu aydinlatici webinar icin tum takipcilerimiz adina Ismail’e cok tesekkur ediyoruz!

Evolutionary genomics for conservation and biodiversity – Ismail Saglam

Turkce

We had our last webinar on April 16th, given by Dr. Ismail Saglam from Hacettepe University. In this interesting session, we get to know more about evolutionary genomics, and how computational approaches can help us to study conservation and biodiversity. Ismail summarised common methods and questions in the area in general, and he also gave an insight into his research, done in collaboration with different labs in Turkey and US. In particular, he explained how genomics can help 1) to test different evolutionary models and understand the forces shaping the diversity, 2) to discover the evolutionary history of species to set conservation strategies, and 3) to understand the evolutionary basis of adaptation.

One of the most interesting comments for me was towards to the end, when he referred evolutionary genomics as an applied field. Most of us tend to consider evolutionary thinking as more of a philosophical way of approaching a biological phenomenon but no – he mentioned how most of the global problems like chronic complex diseases can be explained by the mismatch between phenotype and environment, and could be re-formulated as a question for evolutionary genomics. Although it was just a comment he shared at the end of presentation, I think it was an important one which made me rethink the importance of evolutionary biology education and the current funding schemes..

If you missed the live session, don’t worry – you can still watch it on youtube: https://youtu.be/PzRpvKu8GMk

We appreciate this enlightening webinar and thank Ismail on behalf of our community!!

Sunum Cagrilari

Follow here for English!

Ogrenci Webinarlari

Bilginizi ve deneyiminizi paylasmak mi istiyorsunuz? Artik projenizi, tezlerinizi ve belirli bir alandaki uzman bilgi birikiminizi webinarlarimiz araciligi ile paylasabilirsiniz! Formu doldurun ve ozet gonderiminiz bilimsel komitemiz tarafindan incelendikten sonra sizinle iletisime gecip gerekli ayarlamalari yapalim! Ozet Cagrisi – Ogrenci Sunumlari


Gelecek webinarlarimiz icin davet edilmek uzere arastirmacilar onerin!

Calismalariniza ilham kaynagi olan bir bilim insani mi var? Yakin zamanda yapilmis ve cok etkilendiginiz, cok sorunuzun oldugu bir calisma mi var? Ilgilendiginiz bilim insanlarini gelecekteki webinarlarimiz icin davet etmemize yardim edebilirsiniz! Tek yapmaniz gereken formu doldurmak, biz de webinar duzenlemek uzere iletisime gececegiz! Gelecek webinarimiz icin kimi davet etmek istersiniz?

Hakkimizda

Follow here for English!

Biz kimiz?

  • Genc arastirmacilariz
  • Hesaplamali biyoloji ve biyoenformatik ile ilgileniyoruz
  • Bir sekilde Turkiye’deki hesaplamali biyoloji camiasi ile baglantiliyiz
  • Yeni insanlarla tanismayi cok seviyoruz! Simdi bize katilin!

Ne yapariz?


Neden bu kadar uzun bir ismimiz var? (eglenceli aciklamamiz icin, anasayfamiza bakin!)

Haydi ismi parcalarina ayirip inceleyelim!
  • ISCB – The International Society for Computational Biology (ISCB)
  • ISCB SC – ISCB Ogrenci Konseyi
  • ISCB SC RSG – ISCB Ogrenci Konseyi – Bolgesel Ogrenci Gruplari
  • ISCB SC RSG Turkiye – bu biziz!

Bizi takip edin: Facebook Twitter

RSG Turkiye’den Haberler (2017->2018)

Takvimde bir yili daha geride birakmisken, gectigimiz yil neler yaptik, bu yil icin planlarimiz neler sizlerle paylasmak istedik!

2017’de neler yaptik?

2017 disardan durgun gozukmus olsa da RSG Turkiye’de ciddi adimlarin atildigi, gelismelerin oldugu bir yildi. Aramiza bir cok yeni arkadas katildi. Turkiye’de hesaplamali biyoloji camiasinin buyumesine birebir tanik oluyor, ve bundan cok da guzel faydalaniyoruz! Sayimiz arttikca artik yeni etkinlikler duzenleyebiliyor, farkli seyler deneyebiliyoruz.

  • Online ogrenci sunumlari serisi: 2017’de demosunu yaptigimiz bu etkinlikte, grup uyelerimiz kendi projelerini veya ilgilendikleri makaleleri internet uzerinden sunuyor, online olarak katilimcilarla tartisiyor. Bilim insanlari arasi diyalog ve isbirliginin gelistirilmesi, grubumuzun en temel motivasyonlarindan biri, ve bu dogrultuda bu sunum serisini gelistirerek devam etmek istiyoruz.
  • 2017 Ogrenci Sempozyumu: Bir diger basarili etkinligimiz de sempozyumumuz oldu. Detaylari buradan okuyabilecegimiz etkinligimizde bir cok yeni arkadasla tanistik ve hatta bir kismini aktif grubumuza dahil ettik. Buyumemiz icin bir olanak olmasinin yani sira 2017 sempozyumumuzda, i) sempozyum duzenleme konusunda tecrubemizin her gecen gun arttigini gorduk, ii) ISCB’den aldigimiz destekle en iyi poster odulleri verdik ve iii) Kibris’i ziyaret etmis olduk ve cok da sevdik!
  • Blog ve Twitter: Daha iyi iletisimde olmak, hem grup aktivitelerini hem de diger duyurulari uyelerimize iletmek uzere sosyal medyayi daha iyi kullanmaya karar verdik, ilk adimlari attik. Blogumuzu duzenledik, her gecen gun Twitter aktivitemiz de artiyor.

2018’de bizi neler bekliyor?

2018 icin hem iyi hem kotu haberlerimiz var. Kotu haberle baslayacak olursak, gecen donemki yonetim kadromuzu yenilemek durumunda kaldik. Kotu haber olmasinin sebebini sanirim gecen donem baskanimiz Zeynep Ozkeserli’yi tanima sansini elde etmis olan, yillardir bu gruptaki her etkinlikte nasil merkezi bir rol oynadigini bilen herkes anlayacaktir. Yine de, resmi olarak baskanligi birakmis olsa da grup olarak pesini hic birakmayacagimizi buradan kendisine duyuralim! Hem Zeynep’e hem grup sekreterimiz Burcu Yaldiz’a gectigimiz yilin bu kadar guzel olmasindaki emekleri icin tesekkurler! Burada tabii soylemem gereken en onemli sey, kuruldugu gunden bu yana RSG Turkiye hiyerarsiden yoksun bir yapiyi temel almistir ve bu sekilde devam edecektir. Grubumuz yonetim kadrosunun amaclari 1) resmi islerin ve iletisimin surekliligini saglamak ve bunlari kolaylastirmak ve 2) gecmis yillardan gelen RSG Turkiye isleyisinin gelecek yillara aktarilmasi icin aktif rol oyanamaktir. Zaten Zeynep’in katkisi da baskanligindan ziyade, girisimci ruhu ve gruba adanmisligindan gelmekteydi.  Bu degisiklikle beraber secilen yeni yonetim kadromuz da Melike Donertas, Tulay Karakulak ve Melis Gencel oldu.

Gelelim guzel haberlere! Yeni yil planlarimiz neler? Sayimizin artmasiyla daha aktif bir grup olabilecegimizin ilk sinyallerini aldik.

  • 2014-2015 yillari arasinda aktif olarak surdurdugumuz Webinar projemizi tekrar canlandiriyoruz!! Hem Turkiye’den hem de yurtdisindan arastirmacilari ucretsiz olarak online platformumuzda sizlerle bulusturmak icin ilk adimlari attik. 2018in ilk webinarini gerceklestirdik bile! Yeni webinar haberleri icin sosyal medya hesaplarimizi ve bigmarker sayfamizi takip etmeyi unutmayin!!
  • ODTU’de 7-9 Subat tarihleri arasinda duzenlenecek olan ‘R ile populasyon genetigi simulasyonlarina giris’ calistayi grubumuzdan Elif Bozlak ve Evrim Fer’in de katkilariyla gerceklestirilecek. Ayrintili bilgi: http://www.populasyon.gen.tr/
  • 2017’de demosunu yaptigimiz ogrenci sunumlarini yeni donemle birlikte tam gaz hayata geciriyoruz!
  • Grubumuzun buyumesiyle farkli universitelerden sehirlerden aktif gorev alan arkadaslarimiz oldu. Ilk firsatta bunu sehir toplantilari ile degerlendirecegiz.
  • Sempozyum ve diger gelecek etkinliklerimiz icin bizi izlemeye devam edin 😎