Uncategorized

Beyin metabolizmasının genom ölçeğinde modellenmesi ve hastalıklara uygulamaları

English

Son webinarimiz 11 Haziran’da, Gebze Teknik Universitesi Biyomuhendislik Bolumu’nden Doc. Dr. Tunahan Cakir tarafindan verildi. En yuksek ilginin oldugu webinarlardan biri olan bu oturumda, genel olarak hücre içi moleküler ağların ve moleküler verilerin birlikte genom ölçeğinde modellenmesi ve metabolizma incelemelerinde kullanilmasi hakkinda bilgi verildi. Konusmanin odak noktalari ise 1) beyindeki iki önemli hücre tipi olan nöron ve astrosit hücrelerinin metabolizması ve etkilesimi, 2) nörodejeneratif hastalıklara ait transkriptom verilerinin beyine özgü metabolik ağa çizge tabanlı bir yöntem kullanılarak haritalanması, 3) beyin tümörlerinin hücre metabolizmasına etkisini literatürde kısıt-tabanlı yaklaşım olarak bilinen akı dengesi analizi (İng. Flux Balance Analysis) yontemi ile incelenmesiydi.

Eger canli oturumu kacirdiysaniz veya tekrar dinlemek isterseniz, Youtube uzerinden ulasabilirsiniz: https://youtu.be/z8MV-eu65zI

Bu aydinlatici webinar icin tum takipcilerimiz adina Tunahan Cakir hocamiza cok tesekkur ediyoruz!Sunum_screenshot

Advertisements

Evolutionary Genomics for Conservation and Biodiversity – Ismail Saglam

English

Son webinarimiz 16 Nisan’da Hacettepe Universitesi’nden Dr. Ismail Saglam tarafindan verildi. Bu ilginc oturumda, evrimsel genomik ve hesaplamali calismalarin koruma biyolojisi ve biyocesitlilik calismamiza nasil yardimci olabilecegi hakkinda bilgi edindik. Ismail hem alandaki genel yontem ve sorulari ozetledi, hem de Turkiye ve Amerika’daki cesitli laboratuvarlar ile beraber yuruttugu calismalari hakkinda bilgi verdi. Ozellikle 1) degisik evrimsel modelleri test edip cesitliligi etkileyen faktorleri anlamamiz icin, 2) koruma stratejilerini belirlemede turlerin evrimsel gecmisini kesfetmemiz icin, ve 3) adaptasyonun evrimsel temellerini anlamamiz icin, genomik calismalarin nasil yardimci olabilecegini ornekledi ve acikladi.

Benim icin en ilginc olan yorumlardan birisi, sunumun sonlarina dogruydu. Evrimsel genomikten ‘uygulamali alan’ olarak bahsetti. Bir cogumuz evrimsel dusunceyi, biyolojik olgulara daha filozofik bir yaklasim olarak dusunme egilimindeyiz, ancak Ismail sunumunda, kronik kompleks hastaliklar gibi bir cok kuresel problemin fenotip, genotip, ve cevre uyumsuzlugu ile aciklanabileceginden ve bu problemlerin de evrimsel genomik sorulari olarak tekrar sekillendirilebileceginden bahsetti. Bu konu sunumun sonlarinda yer alan ufak bir yorumdu sadece, ama benim icin evrimsel biyoloji egitiminin onemini ve gunumuzdeki bilim fonlarinin seklini yeniden dusunmemi saglayan onemli bir yorum oldu.

Eger canli oturumu kacirdiysaniz, endiselenmeyin. Youtube uzerinden hala izleyebilirsiniz: https://youtu.be/PzRpvKu8GMk

Bu aydinlatici webinar icin tum takipcilerimiz adina Ismail’e cok tesekkur ediyoruz!

2018’İN İLK WEBİNARI – Integrative Modeling of Biomolecular Complexes

English

Webinar serimizi yeniden canlandırdığımız için çok heyecanlıyız! Bu senenin ilk webinarını 31 Ocak’ta İzmir Biyotıp ve Genom Enstitüsü (İBG-İZMİR) ’nden Dr. Ezgi Karaca ile gerçekleştirdik.

Kendisi Yapısal Biyoloji’de ki temel tekniklerden, data tiplerinden ve deneysel yapısal biyoloji datalarının biyomolekül simülasyonları ile nasıl birleştirildiğinden bahsetti. Özellikle, kendisinin de geliştiricisi olduğu bir “docking” programı olan HADDOCK ve Nature Methods’ta “integrative modeling” üzerine yayınlanan çalışmasında bahsederek hesaplamalı yapısal biyolojiye olan merakımızı daha da arttırdı! Webinarımıza yaklaşık olarak 100 kişi kaydoldu ve planımız bu sayıyı oldukça arttırmak ve kısa zamanda daha çok kişiye ulaşmak!

Bu geniş kapsamlı bilgilendirici seminer için ve webinar projemize destek verdiği için kendisine çok teşekkür ederiz 🙂 Eğer siz de hesaplamalı yapısal biyolojiyi merak ediyorsanız, bu webinarımıza şu linkten ulaşabilirsiniz:

https://www.bigmarker.com/bioinfonet/EzgiKaraca

Bir sonraki webinarlarımızı iple çekiyoruz!

Sunum Cagrilari

Follow here for English!

Ogrenci Webinarlari

Bilginizi ve deneyiminizi paylasmak mi istiyorsunuz? Artik projenizi, tezlerinizi ve belirli bir alandaki uzman bilgi birikiminizi webinarlarimiz araciligi ile paylasabilirsiniz! Formu doldurun ve ozet gonderiminiz bilimsel komitemiz tarafindan incelendikten sonra sizinle iletisime gecip gerekli ayarlamalari yapalim! Ozet Cagrisi – Ogrenci Sunumlari


Gelecek webinarlarimiz icin davet edilmek uzere arastirmacilar onerin!

Calismalariniza ilham kaynagi olan bir bilim insani mi var? Yakin zamanda yapilmis ve cok etkilendiginiz, cok sorunuzun oldugu bir calisma mi var? Ilgilendiginiz bilim insanlarini gelecekteki webinarlarimiz icin davet etmemize yardim edebilirsiniz! Tek yapmaniz gereken formu doldurmak, biz de webinar duzenlemek uzere iletisime gececegiz! Gelecek webinarimiz icin kimi davet etmek istersiniz?

Hakkimizda

Follow here for English!

Biz kimiz?

  • Genc arastirmacilariz
  • Hesaplamali biyoloji ve biyoenformatik ile ilgileniyoruz
  • Bir sekilde Turkiye’deki hesaplamali biyoloji camiasi ile baglantiliyiz
  • Yeni insanlarla tanismayi cok seviyoruz! Simdi bize katilin!

Ne yapariz?


Neden bu kadar uzun bir ismimiz var? (eglenceli aciklamamiz icin, anasayfamiza bakin!)

Haydi ismi parcalarina ayirip inceleyelim!
  • ISCB – The International Society for Computational Biology (ISCB)
  • ISCB SC – ISCB Ogrenci Konseyi
  • ISCB SC RSG – ISCB Ogrenci Konseyi – Bolgesel Ogrenci Gruplari
  • ISCB SC RSG Turkiye – bu biziz!

Bizi takip edin: Facebook Twitter

2018 yili ogrenci sunumlari basladi!

Follow here for English!

Yilin ilk ogrenci sunumu, 12 Mart 2018 tarihinde, doktora ogrencisi Melike Donertas tarafindan yapildi. Her canlinin tecrube ettigi biyolojik bir surec olan yaslanmanin konusuldugu ”Yaslanmayi hedef alan gen ekspresyon temelli ilac repozisyonu” isimli sunuma, dinleyiciler de sorulariyla eslik etti. Melike, bir bucuk saatlik sunum boyunca, kendi calismasinin metodolojisinin yani sira simdiye kadar yaslanma ile ilgili yapilan calismalarla ilgili de genel bir bilgi verdi. Calismanin sonuclarinda yaslanma karsiti ilac onerileri ise heyecan vericiydi cunku onerilen bazi ilaclar hali hazirda omru uzattigi dusunulen ilaclardi. Sunumun sonunda Melike, yaslilikla iliskisi bilinenler disindaki diger ilac onerilerinin ise deneysel calismalarla irdelenecegini soyleyerek sunumunu bitirdi. Eger calismayi siz de okumak isterseniz, link burada.
Ayrica ogrenci sunumlarinda siz de yer almak istiyorsaniz, buradaki formu doldurmaniz yeterli.
Bir sonraki webinar etkinligini kacirmak istemiyorsaniz da lutfen takipte kalin 🙂

Webinar Project – Bioinfonet

Bioinfonet project is an ISCB Student Council supported webinar project. Our main aim is to build bridges between bioinformatics professionals and young bioinformatics students, mainly who live in developing countries and have difficulty joining the aura of the community. But anyone who want to get an idea of how bioinformatics is done, who are those bioinformaticians and what they do or seeks for a collaboration can find their “remedy” here.
Our main activity is on our community page. When you register to our community, you can get an e-mail notice whenever we organize a new webinar – and nothing more (We hate spamming!). The other way to keep in touch with us is to follow us on Facebook and linked-in.
If you have any questions, thoughts or recommendations please contact us: turkey.rsg@gmail.com